Im gesamten Archipel herrscht ein tropisch-heißes Klima vor, mit recht hohen Durchschnittstemperaturen und hoher Luftfeuchtigkeit. Man unterscheidet die Regenzeit (Juni bis November), die kühle Trockenzeit (Dezember bis Februar) und die heiße Trockenzeit (März bis Mai). Das Wetter hält sich jedoch nicht immer an diesen Zyklus und auch wie überall sonst ist es auf den Philippinen nicht hundertprozentig vorhersehbar. In den Monaten Juli, August und September sollte man auf jeden Fall mit heftigen Regengüssen rechnen. Auch mit Taifunen sollte man in den Monaten Juni bis November rechnen.

Trotzdem kann es in der Regenzeit im Westen der Visayas und im Norden Mindanaos längere niederschlagsfreie Abschnitte geben, während das ozeanische Klima den Pazifikküsten das ganze Jahr über Regenschauer bringt. Die mittlere Jahrestemperatur beträgt in tieferen Lagen etwa 27°C. Im Hochland von Luzon kann es selbst im Mai, wenn in Manila und anderen Tieflandorten das Thermometer auf über 35°C klettert, tagsüber mit 15°C kühl sein.